Het BFI vormt een autonome  business unit binnen de vzw Febelfin Academy, het opleidingsinstituut van de sector.  Er wordt gestreefd naar een maximum aan synergie met de bestaande structuren en  initiatieven.

De Raad van Bestuur van Febelfin Academy bepaalt de strategische keuzes van het Brussels Finance Institute in nauw overleg met de bestuursorganen van Febelfin.

De Raad van Bestuur wordt geassisteerd door een academisch college (de Academic Advisory Board) samengesteld uit toonaangevende universiteitsmedewerkers en professionelen uit de financiële wereld. De Academic Advisory Board stimuleert de uitwisseling en coördinatie van informatie en vervult dus de rol van bruggenbouwer tussen de academische wereld en de beroepskringen. Hij bepaalt mee de basisconcepten voor de opleidingsprogramma’s van het Brussels Finance Institute.

Het dagelijks bestuur van het BFI is in handen van de gedelegeerd bestuurder van Febelfin Academy, de  directeur en de coördinator van de BFI-opleidingsprogramma’s. Voor de logistieke en administratieve ondersteuning wordt een beroep gedaan op de huidige diensten van Febelfin Academy.